Tumores estromais do trato gastrointestinal (GIST) são tipicamente caracterizados por mutações ativadoras nos genes c-KIT e Receptor Tipo Alfa Para Fator De Crescimento Derivado de Plaquetas (PDGFR?). Aproximadamente 80% dos GIST possuem uma mutação oncogênica no gene KIT e 15% dos GIST possuem uma mutação no gene PDGFR sendo KIT negativo. A presença de mutações nos genes c-KIT e PDGFR dão suporte ao diagnóstico de GIST e tem valor preditivo na resposta ao tratamento com o medicamento Gleevec (imatinib). As respostas de pacientes com GIST aos inibidores de tirosina quinase, como o imatinib, variam de acordo com o tipo de mutação observada. Pacientes com mutações no exon 11 do c-KIT tendem a mostrar uma resposta maior e mais duradoura ao imatinib, que pacientes com mutações no exon 9 ou pacientes sem expressão. Cerca de 35% dos pacientes com mutações de PDGFRA serão beneficiados pelo tratamento com imatinib.

Este teste de rastreio de mutações nos exons 9, 11, 13 e 17, não tem o objetivo de confirmar o diagnóstico de GIST. A presença ou ausência de uma mutação não confirma nem afasta o diagnóstico de GIST. Mutações de c-KIT são também encontradas em 21% de melanomas de mucosas, em 11% de melanomas acrais, e em 17% dos melanomas que surgem em pele cronicamente danificada pelo sol. Estes casos têm uma aparente boa resposta aos inibidores de tirosina-quinase.

A metodologia usada no exame é NGS- Sequenciamento de Segunda Geração por Multiplex.

O DNA é extraído do bloco de parafina após análise de uma patologista e delimitação da área demarcada através do kit QIAamp DNA FFPE Tissue Kit. A técnica principal para o preparo da biblioteca de DNA é utilizando-se a tecnologia de PCR multiplexado com molecular barcode (QiaSeqDNA V3). Caso existam regiões não adequadamente cobertas na primeira técnica, é preparada por PCR convencional seguido de Nextera ou Sanger. O resultado final é uma cobertura de 100% das bases com profundidade acima de 300x nas regiões de interesse. A chamada de variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37/hg19.

- Este teste detecta pequenas deleções e duplicações até 17 bp, mas grandes deleções e duplicações não são detectadas por esta metodologia. Outras alterações estruturais,como inversões e translocações também não são detectadas. Havendo suspeita de algumas destas alterações, pode-se usar metodologias como array CGH, MLPA, qPCR ou FISH. - Mutações por expansão de repeats de trinucleotídeos não são detectáveis por sequenciamento. - Mutações intrônicas profundas ou em regiões regulatórias, como promotores, não são detectáveis no presente teste. - Alteração epigenéticas não são detectáveis por este teste.

• Gene c-Kit
• GIST
• Leucemia Mielóide Aguda
• MELANOMA
• Tumores estromais do trato gastrointestinal