Este painel avalia variações do número de cópias para identificação de deleções e/ou duplicações nos 19 genes, cujas variações podem estar associadas a cânceres de mama, ovário e útero hereditários.

ATM BRCA1 BRCA2 BRIP1 CDH1 CHEK2 EPCAM MLH1 MSH2 MSH6 NBN NF1 PALB2 PMS2 PTEN RAD51C RAD51D STK11 TP53

Exigência	Descrição
Materiais	Sangue periférico
Conservantes	EDTA
Volume Recomendável	8 a 12 ml
Tempo de Jejum	Jejum não obrigatório
Conservação	Amostra deve ser refrigerada (2°C a 8°C).
Critérios de Rejeição	Amostra congelada Presença de coágulo ou hemolisado Amostra coletada por mais de 96 horas Quantidade de amostra insuficiente Avarias no tubo e/ou recipiente do material enviado Tubo com outros anticoagulantes ou conservante inadequado (ex.: HEPARINA) Amostras sem identificação Sem requisição do médico
Documentos Obrigatórios	Termo de Consentimento

A metodologia usada no exame é Sequenciamento de Segunda Geração (NGS) por Captura e CNV.

O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após enriquecimento por um método de captura. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels) e análise de número de cópias (CNV) para grandes deleções e duplicações exônicas no Pipeline Haoma. 

A cobertura média esperada é de acima de 99% das bases com profundidade acima de 10x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes até o momento do desenho do ensaio. Genes com cobertura inferior a 98% são devidamente informados na seção de genes analisados. A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37/hg19. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG). 

Este teste detecta >99% das variantes SNVs e de pequenas deleções e duplicações com até 20bp. Variantes maiores que 20bp e menores do que um éxon podem ser detectadas com sensibilidade reduzida. Análise de número de cópias (CNV) para variantes com 2 ou mais éxons possui uma sensibilidade de >98%. CNVs de exon único podem ser detectadas dependendo das condições da amostra, distribuição da cobertura e qualidade dos dados. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições, regiões intrônicas profundas e áreas com pseudogenes.

CÂNCER DE MAMA E OVÁRIO HEREDITÁRIOS

Termo de Consentimento

• ATM
• BRIP1
• CDH1
• EPCAM
• Gene CDH1
• genes BRCA1 e BRCA2
• MLH1
• MSH2
• MSH6
• NBN
• NF1
• PALB2
• PMS2
• PTEN
• RAD51C
• RAD51D
• STK11
• TP53