Este teste sequencia 145 genes, sabidamente associados a tumores de diversos órgãos e sistemas, como mama, ovário e útero, gastroinstestinal, endócrino, genitourinário, pele, sistema nervoso central, sarcoma e hematológico. Além do sequenciamento, o teste avalia delecões e duplicações a nível exônico de alguns genes. Achados de deleções ou duplicações são confirmados por técnica alternativa, como MLPA, CGH exon-específico ou qPCR.

Este teste não é indicado para análise de mutações somáticas em amostras de tumor.

AIP AKT1 ALK APC ATM ATR AXIN2 BAP1 BARD1 BLM BMPR1A BRCA1 BRCA2 BRIP1 BUB1B CASR CDC73 CDH1 CDK4 CDKN1B CDKN1C CDKN2A CEBPA CEP57 CHEK2 CTC1 CTNNA1 CYLD DDB2 DICER1 DIS3L2 DKC1 EGFR EGLN1 ENG EPCAM ERCC1 ERCC2 ERCC3 ERCC4 ERCC5 EXT1 EXT2 EZH2 FAM175A FAN1 FANCA FANCB FANCC FANCD2 FANCE FANCF FANCG FANCI FANCL FANCM FH FLCN GALNT12 GATA2 GEN1 GPC3 GREM1 HNF1A HOXB13 HRAS KIF1B KIT KMT2D LZTR1 MAX MC1R MEN1 MERTK MET MITF MLH1 MLH3 MRE11A MSH2 MSH3 MSH6 MUTYH NBN NF1 NF2 NHP2 NOP10 NSD1 NTHL1 PALB2 PALLD PDGFRA PHOX2B PIK3CA PMS1 PMS2 POLD1 POLE POLH POT1 PRF1 PRKAR1A PRSS1 PTCH1 PTCH2 PTEN RAD50 RAD51 RAD51C RAD51D RB1 RECQL4 RET RHBDF2 RUNX1 SBDS SDHA SDHAF2 SDHB SDHC SDHD SLC45A2 SLX4 SMAD4 SMARCA4 SMARCB1 SMARCE1 STK11 SUFU TERC TERT TINF2 TMEM127 TP53 TSC1 TSC2 TYR VHL WRAP53 WRN WT1 XPA XPC XRCC2

Exigência	Descrição
Materiais	Sangue ou Saliva ou DNA extraído (para envio, entrar em contato com a Haoma)
Conservantes	EDTA
Volume Recomendável	Sangue: 4ml Saliva: mínimo de 1,5 a 2mL
Tempo de Jejum	Jejum não obrigatório
Conservação	Sangue em tubo com EDTA (tampa roxa): enviar a amostra num prazo máximo de 96h (temperatura ambiente, 18-25ºC) ou 7 dias (refrigerada, 2-8ºC), por courier. Saliva em tubo OCR-100 (ORAcollect) ou OG-500 (Oragene): enviar a amostra num prazo máximo de 15 dias (temperatura ambiente, 18-25ºC ou refrigerada, 2-8ºC), por courier.
Critérios de Rejeição	Amostra de sangue congelada. Presença de coágulo ou hemólise grosseira. Amostra coletada por mais de 96 horas. Quantidade de amostra insuficiente. Avarias no tubo e/ou recipiente do material enviado. Tubo com anticoagulante ou conservante inadequado. Amostra sem identificação. Falta de requisição médica ou do termo de consentimento assinado pelo paciente ou responsável. Se a amostra for DNA extraído, é obrigatório o envio do formulário específico (entrar em contato).
Documentos Obrigatórios	Termo de Consentimento Formulário de Requisição

A metodologia usada no exame é Sequenciamento de Segunda Geração (NGS) por Captura e CNV.

O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após enriquecimento por um método de captura. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels) e análise de número de cópias (CNV) para grandes deleções e duplicações exônicas no Pipeline Haoma. 

A cobertura média esperada é de acima de 99% das bases com profundidade acima de 10x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes até o momento do desenho do ensaio. Genes com cobertura inferior a 98% são devidamente informados na seção de genes analisados. A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37/hg19. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG). 

Este teste detecta >99% das variantes SNVs e de pequenas deleções e duplicações com até 20bp. Variantes maiores que 20bp e menores do que um éxon podem ser detectadas com sensibilidade reduzida. Análise de número de cópias (CNV) para variantes com 2 ou mais éxons possui uma sensibilidade de >98%. CNVs de exon único podem ser detectadas dependendo das condições da amostra, distribuição da cobertura e qualidade dos dados. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições, regiões intrônicas profundas e áreas com pseudogenes.

Câncer Hereditário
Leucemias
SARCOMA
Síndrome Mielodisplásica

• Câncer Hereditário
• PAINEL NGS AMPLIADO DE RISCO HEREDITÁRIO DE CÂNCER