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Neste exame é realizado o sequenciamento e avaliação do número de cópias do painel de genes descrito abaixo.
Variantes patogênicas nestes genes estão associadas à série de fenótipos:
| Transtornos | Genes | Método | Proporção de Variantes Patogênicas detectável pelo método |
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SÃndrome de Alagille
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JAG1
|
Sequenciamento | Até 89% |
| Deleção/Duplicação | ~ 5% - 7% | ||
|
NOTCH2
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Sequenciamento | 1% - 2% | |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
SÃndrome de Alstrom
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ALMS1
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Sequenciamento | 85% - 90% |
| Deleção/Duplicação | ~ 5% | ||
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SÃndrome Cardio-Facio-Cutanêa
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BRAF
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Sequenciamento | ~ 75% |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
MAP2K1
MAP2K2 |
Sequenciamento | ~ 25% | |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
KRAS
|
Sequenciamento | < 2% - 3% | |
| Deleção/Duplicação | - | ||
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SÃndrome de Charge
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CHD7
|
Sequenciamento | Até 70% |
| Deleção/Duplicação | Raro | ||
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SÃndrome de Costello
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HRAS
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Sequenciamento | 80% - 90% |
| Deleção/Duplicação | Variantes patogênicas neste gene relatadas em 139 indivÃduos afetados com SÃndrome de Costello | ||
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SÃndrome de Holt-Oram
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TBX5
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Sequenciamento | 70%"}">> 70% |
| Deleção/Duplicação | < 1% | ||
|
SÃndrome de Legius
|
Sequenciamento | ||
| Deleção/Duplicação | |||
|
SÃndrome LEOPARD (Lentiginose Cardiomiopática)
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PTPN11
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Sequenciamento | 90% |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
RAF1
|
Sequenciamento | < 5% | |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
BRAF
|
Sequenciamento | 2 Pessoas | |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
MAP2K1
|
Sequenciamento | 1 Pessoa | |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
SÃndrome de Meckel
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CEP290
|
Sequenciamento | |
| Deleção/Duplicação | |||
|
MKS1
|
Sequenciamento | ||
| Deleção/Duplicação | |||
|
NPHP3
|
Sequenciamento | ||
| Deleção/Duplicação | |||
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Neurofibromatose Tipo 1 (NF1)
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NF1
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Sequenciamento | ~ 60% - 90% |
| Deleção/Duplicação | ~ 5% | ||
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SÃndrome de Noonan (NS)
|
PTPN11
|
Sequenciamento | 50% |
| Deleção/Duplicação | Raro | ||
|
SOS1
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Sequenciamento | 10% - 13% | |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
RAF1
|
Sequenciamento | 5% | |
| Deleção/Duplicação | 1 Caso reportado | ||
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RIT1
|
Sequenciamento | 5% | |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
KRAS
|
Sequenciamento | < 5% | |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
NRAS
|
Sequenciamento | 8 Pessoas e 4 FamÃlias | |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
BRAF
|
Sequenciamento | < 2% | |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
MAP2K1
|
Sequenciamento | < 2% | |
| Deleção/Duplicação | - | ||
|
SÃndrome Oculo-Facio-Cardio-Dental
|
BCOR
|
Sequenciamento | 1%"}">
> 1%
|
| Deleção/Duplicação | |||
|
Discinesia Ciliar Primária
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DNAH5 |
Sequenciamento
Deleção/Duplicação |
|
| DNAH11 | |||
| CCDC39 | |||
| DNAI1 | |||
| CCDC40 | |||
| CCDC103 | |||
| SPAG1 | |||
| ZMYND10 | |||
| ARMC4 | |||
| CCDC151 | |||
| DNAI2 | |||
| RSPH1 | |||
| CCDC114 | |||
| RSPH4A | |||
| DNAAF1 | |||
| DNAAF2 | |||
| LRRC6 | |||
|
SÃndrome Simpson-Golabi-Behmel
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GPC3
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Sequenciamento | ~ 55% |
| Deleção/Duplicação | ~ 43% | ||
|
SÃndome de Sotos
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NSD1
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Sequenciamento | 27% - 93% |
| Deleção/Duplicação | ~ 15% | ||
| SÃndrome de Williams | Sequenciamento Deleção/Duplicação |
*As Proporção de Variantes Patogênicas detectável pelo método, postos segundo a literatura.
| Exigência | Descrição |
|---|---|
| Materiais |
|
| Conservantes |
|
| Volume Recomendável | 8 a 12 ml |
| Tempo de Jejum | Jejum não obrigatório |
| Conservação |
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| Critérios de Rejeição |
|
| Documentos Obrigatórios | Termo de Consentimento |
A metodologia usada no exame é Sequenciamento de segunda geração com análise de número de cópias.
O DNA extraÃdo é enriquecido para as regiões-alvo do teste utilizando um protocolo baseado em hibridização e sequenciado em plataforma Illumina. Para atingir uma cobertura >99% em todas as regiões gênicas de interesse, o DNA pode ser sequenciado por duas ou mais técnicas complementares adicionais. O resultado final é uma cobertura de >99% das bases nas regiões exônicas, 10bp de região intrônica adjacente e outras regiões especÃficas conhecidamente causadoras de fenótipos clÃnicos relevantes no momento do desenho do ensaio. A chamada de variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37. As deleções e duplicações exônicas são chamadas usando um algoritmo "in-house" que determina o número de cópias em cada alvo. Todas as variantes clinicamente significantes são confirmadas por metodologias alternativas, exceto variantes validadas individualmente e variantes previamente confirmadas em um parente de primeiro grau. As metodologias de confirmação incluem qualquer uma das seguintes: sequenciamento Sanger, sequenciamento Pacific Biosciences SMRT, MLPA, MLPA-seq, Array CGH. Regiões promotoras, regiões não traduzidas e outras regiões não codificantes não são avaliadas, senão no contexto anteriomente citado.
Este ensaio atinge >99% de sensibilidade e especificidade para SNVs (single nucleotide variants) e inserções e deleções <15bp (indels), com base nos resultados de validação. A sensibilidade para detectar inserções e deleções maiores que 15bp, porém menores que um exon completo, pode ser reduzida. A análise de deleções/duplicações determina o número de cópias com alta confiabilidade (>95% dos exons direcionados). Esta metodologia pode não detectar mosaicismo de baixo nÃvel. Este laudo reflete a análise de uma amostra de DNA genômico extraÃdo. Em casos raros (neoplasia hematolinfóide circulante, transplante de medula óssea, transfusão de sangue recente) o DNAanalisado pode não representar o genoma constitucional do paciente.
