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Neste exame é realizado o sequenciamento e avaliação do número de cópias do painel de genes descrito abaixo.
Variantes patogênicas nos genes, estão associadas à :
| Gene | Condição | MIM |
| ALPL | Hipofosfatasia | 146300 |
| CLCN5 | Doença de Dent tipo 1 | 300009 |
| CYP2R1 | Raquitismo hipocalcêmico dependente de vitamina D | 600081 |
| CYP27B1 | Raquitismo hipocalcêmico dependente de vitamina D | 264700 |
| DMP1 | Raquitismo hipofosfatêmico autossômico recessivo | 241520 |
| ENPP1 | Raquitismo hipofosfatêmico autossômico recessivo | 613312 |
| FAH | Tirosinemia tipo 1 | 276700 |
| FAM20C | Displasia óssea osteosclerótica letal | 259775 |
| FGF23 | Calcinose tumoral hipercêmica | 617993 |
| FGFR1 |
Nanismo osteoglofónico |
166250 |
| PHEX |
Hipofosfatemia ligada ao X |
307800 |
| SLC34A3 | Raquitismo hipofosfatêmico com hipercalciúria | 241530 |
| VDR | Raquitismo pseudocarencial ou hipocalcêmico tipo 2 | 277440 |
Segundo a literatura a análise de sequenciamento completo da região codificante do gene ALPL pode explicar até 95%, do gene CLCN5 até 60%, do gene FAH até 95% e no gene PHEX até 78% dos casos positivos para as variantes patogênicas descritas acima.
| Exigência | Descrição |
|---|---|
| Materiais |
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| Conservantes |
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| Volume Recomendável | 8 a 12 ml |
| Tempo de Jejum | Jejum não obrigatório |
| Conservação |
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| Critérios de Rejeição |
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| Documentos Obrigatórios | Termo de Consentimento |
A metodologia usada no exame é Sequenciamento de segunda geração com análise de número de cópias.
O DNA extraÃdo é enriquecido para as regiões-alvo do teste utilizando um protocolo baseado em hibridização e sequenciado em plataforma Illumina. Para atingir uma cobertura >99% em todas as regiões gênicas de interesse, o DNA pode ser sequenciado por duas ou mais técnicas complementares adicionais. O resultado final é uma cobertura de >99% das bases nas regiões exônicas, 10bp de região intrônica adjacente e outras regiões especÃficas conhecidamente causadoras de fenótipos clÃnicos relevantes no momento do desenho do ensaio. A chamada de variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37. As deleções e duplicações exônicas são chamadas usando um algoritmo "in-house" que determina o número de cópias em cada alvo. Todas as variantes clinicamente significantes são confirmadas por metodologias alternativas, exceto variantes validadas individualmente e variantes previamente confirmadas em um parente de primeiro grau. As metodologias de confirmação incluem qualquer uma das seguintes: sequenciamento Sanger, sequenciamento Pacific Biosciences SMRT, MLPA, MLPA-seq, Array CGH. Regiões promotoras, regiões não traduzidas e outras regiões não codificantes não são avaliadas, senão no contexto anteriomente citado.
Este ensaio atinge >99% de sensibilidade e especificidade para SNVs (single nucleotide variants) e inserções e deleções <15bp (indels), com base nos resultados de validação. A sensibilidade para detectar inserções e deleções maiores que 15bp, porém menores que um exon completo, pode ser reduzida. A análise de deleções/duplicações determina o número de cópias com alta confiabilidade (>95% dos exons direcionados). Esta metodologia pode não detectar mosaicismo de baixo nÃvel. Este laudo reflete a análise de uma amostra de DNA genômico extraÃdo. Em casos raros (neoplasia hematolinfóide circulante, transplante de medula óssea, transfusão de sangue recente) o DNAanalisado pode não representar o genoma constitucional do paciente.
