A síndrome brânquio-otorrenal (SBOR) é uma doença autossômica dominante, provocada por mutações em genes da organogênese humana, principalmente o gene EYA 1. Sua incidência é de 1 em 40.000 recém-nascidos vivos. As manifestações clínicas da SBOR decorrem de transtorno genético e envolvem perda auditiva de condução, neurossensorial ou mista, malformações da orelha externa, média e interna, cistos ou fístulas branquiais e anomalias renais que podem variar de hipoplasia a agenesia renal. O diagnóstico clínico da SBOR se baseia na presença de critérios clínicos. A genética molecular é de grande valor para a confirmação do diagnóstico e para estabelecer o diagnóstico pré-natal. Testes audiométricos completos e exames renais apurados são indicados a fim de mensurar com precisão a extensão dos danos causados pela doença. Sua ampla variabilidade clínica sugere, na literatura, que os diferentes fenótipos dessa síndrome representam, na realidade, grupos heterogêneos de doenças, que fazem diagnóstico diferencial, principalmente, com a síndrome brânquio-otorrenal. O tratamento se limita a reparar os danos causados pela doença, podendo estar indicado o uso de próteses auriculares ou intervenções cirúrgicas otológicas e renais, a fim de melhorar a qualidade de vida dos pacientes. O aconselhamento genético é a melhor forma de prevenção, sendo fundamental no tratamento.

ACTG1 ATP6V1B1 BSND CACNA1D CCDC50 CDH23 CEACAM16 CIB2 CLDN14 CLRN1 COCH COL4A3 COL4A4 COL4A6 DFNA5 DFNB31 DFNB59 DIABLO DIAPH1 DIAPH3 EDN3 EDNRB ESRRB EYA1 EYA4 GATA3 GIPC3 GJA1 GJB1 GJB2 GJB3 GJB6 GPSM2 GRHL2 GRXCR1 HARS HARS2 HGF HSD17B4 ILDR1 JAG1 KARS KCNE1 KCNJ10 KITLG LHFPL5 LHX3 LOXHD1 MARVELD2 MITF MYH9 MYO15A MYO1A MYO3A MYO6 MYO7A OTOA OTOF OTOG OTOGL PAX3 PCDH15 PMP22 PNPT1 POU3F4 POU4F3 PRPS1 PTPRQ SALL1 SERPINB6 SIX1 SIX3 SIX5 SIX6 SLC17A8 SLC26A4 SLC26A5 SMPX SNAI2 SOX10 SOX2 STRC TBC1D24 TECTA TFAP2A TIMM8A TJP2 TMC1 TMPRSS3 TRIOBP TSPEAR USH1C USH1G USH2A WFS1

Exigência	Descrição
Materiais	Sangue ou Saliva ou DNA extraído (para envio, entrar em contato com a Haoma)
Conservantes	EDTA
Volume Recomendável	Sangue: 4ml Saliva: mínimo de 1,5 a 2mL
Tempo de Jejum	Jejum não obrigatório
Conservação	Sangue em tubo com EDTA (tampa roxa): enviar a amostra num prazo máximo de 96h (temperatura ambiente, 18-25ºC) ou 7 dias (refrigerada, 2-8ºC), por courier. Saliva em tubo OCR-100 (ORAcollect) ou OG-500 (Oragene): enviar a amostra num prazo máximo de 15 dias (temperatura ambiente, 18-25ºC ou refrigerada, 2-8ºC), por courier.
Critérios de Rejeição	Amostra de sangue congelada. Presença de coágulo ou hemólise grosseira. Amostra coletada por mais de 96 horas. Quantidade de amostra insuficiente. Avarias no tubo e/ou recipiente do material enviado. Tubo com anticoagulante ou conservante inadequado. Amostra sem identificação. Falta de requisição médica ou do termo de consentimento assinado pelo paciente ou responsável. Se a amostra for DNA extraído, é obrigatório o envio do formulário específico (entrar em contato).

A metodologia usada no exame é Sequenciamento de Segunda Geração (NGS) por Captura.

O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após enriquecimento por um método de captura. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels) no Pipeline Haoma.

A cobertura média esperada é de acima de 99% das bases com profundidade acima de 10x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes até o momento do desenho do ensaio. Genes com cobertura inferior a 98% são devidamente informados na seção de genes analisados. A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37/hg19. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG). 

Este teste detecta >99% das variantes SNVs e de pequenas deleções e duplicações com até 20bp. Variantes maiores que 20bp e menores do que um éxon podem ser detectadas com sensibilidade reduzida. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições, regiões intrônicas profundas e áreas com pseudogenes.

Síndrome Branquio-Otorrenal

• Displasia Brânquio-Otorrenal
• Síndrome BOR
• Síndrome Brânquio-Oculofacial