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Neste exame é realizado o sequenciamento dos gene descritos abaixo com cobertura superior de 100% à 50x.
Variantes patogênicas nestes genes estão associadas à SÃndrome Saethre-Chotzen [MIM 101400], SÃndrome Muenke [MIM 602849], SÃndrome Pfeiffer [MIM 101600] e SÃndrome Jackson-Weiss [MIM 123150]. Segundo a literatura a análise de sequenciamento completo da região codificante do gene TWIST pode explicar mais de 50% dos casos de Saethre-Chotzen, o gene FGFR2 até 100% dos casos de Pfeiffer e Jackson-Weiss, enquanto o gene FGFR3 pode explicar até 100% dos casos de Muenke.
Esse teste não realiza o procedimento de MPLA do gene TWIST1 que pode explicar até 28% dos casos. Em caso único de suspeita de Saethre-Chotzen é recomendado a realização da técnica de MLPA do gene TWIST1 em conjunto com este exame.
| Exigência | Descrição |
|---|---|
| Materiais |
ou
ou
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| Conservantes | EDTA |
| Volume Recomendável | Sangue: 4ml Saliva: mÃnimo de 1,5 a 2mL |
| Tempo de Jejum | Jejum não obrigatório |
| Conservação |
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| Critérios de Rejeição |
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A metodologia usada no exame é NGS- Sequenciamento de Segunda Geração por Multiplex.
O DNA é extraÃdo de sangue periférico ou saliva de forma automatizada (QIASymphony). A técnica principal para o preparo da biblioteca de DNA é utilizando-se a tecnologia de PCR multiplexado com molecular barcode (QiaSeqDNA V3). Caso existam regiões não adequadamente cobertas na primeira técnica, é preparada por PCR convencional seguido de Nextera ou Sanger. O resultado final é uma cobertura de 100% das bases com profundidade acima de 50x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente. A chamada de variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37/hg19.
- Este teste detecta pequenas deleções e duplicações até 17 bp, mas grandes deleções e duplicações não são detectadas por esta metodologia. Outras alterações estruturais,como inversões e translocações também não são detectadas. Havendo suspeita de algumas destas alterações, pode-se usar metodologias como array CGH, MLPA, qPCR ou FISH. - Mutações por expansão de repeats de trinucleotÃdeos não são detectáveis por sequenciamento. - Mutações intrônicas profundas ou em regiões regulatórias, como promotores, não são detectáveis no presente teste. - Alteração epigenéticas não são detectáveis por este teste.
