Neste exame é realizado o sequenciamento e avaliação do número de cópias do painel de genes descrito abaixo.

Variantes patogênicas nos genes avaliados neste painel estão associadas ao aumento de risco no desenvolvimento de cânceres do sistema nervoso central e periférico na infância. 

 

ALK APC DICER1 EPCAM HRAS MAX MEN1 MLH1 MSH2 MSH6 NF1 NF2 PHOX2B PMS2 PRKAR1A PTCH1 PTEN RB1 RET SDHA SDHAF2 SDHB SDHC SDHD SMARCB1 SMARCE1 SUFU TMEM127 TP53 TSC1 TSC2 VHL

Exigência	Descrição
Materiais	Sangue periférico
Conservantes	EDTA
Volume Recomendável	8 a 12 ml
Tempo de Jejum	Jejum não obrigatório
Conservação	Amostra deve ser refrigerada (2°C a 8°C).
Critérios de Rejeição	Amostra congelada Presença de coágulo ou hemolisado Amostra coletada por mais de 96 horas Quantidade de amostra insuficiente Avarias no tubo e/ou recipiente do material enviado Tubo com outros anticoagulantes ou conservante inadequado (ex.: HEPARINA) Amostras sem identificação Sem requisição do médico
Documentos Obrigatórios	Termo de Consentimento

A metodologia usada no exame é Sequenciamento de segunda geração com análise de número de cópias.

O DNA extraído é enriquecido para as regiões-alvo do teste utilizando um protocolo baseado em hibridização e sequenciado em plataforma Illumina. Para atingir  uma cobertura >99% em todas as regiões gênicas de interesse, o DNA pode ser sequenciado por duas ou mais técnicas complementares adicionais. O resultado final é uma cobertura de >99% das bases nas regiões exônicas, 10bp de região intrônica adjacente e outras regiões específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes no momento do desenho do ensaio. A chamada de variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37. As deleções e duplicações exônicas são chamadas usando um algoritmo "in-house" que determina o número de cópias em cada alvo. Todas as variantes clinicamente significantes são confirmadas por metodologias alternativas, exceto variantes validadas individualmente e variantes previamente confirmadas em um parente de primeiro grau. As metodologias de confirmação incluem qualquer uma das seguintes: sequenciamento Sanger, sequenciamento Pacific Biosciences SMRT, MLPA, MLPA-seq, Array CGH. Regiões promotoras, regiões não traduzidas e outras regiões não codificantes não são avaliadas, senão no contexto anteriomente citado.

Este ensaio atinge >99% de sensibilidade e especificidade para SNVs (single nucleotide variants) e inserções e deleções <15bp (indels), com base nos resultados de validação. A sensibilidade para detectar inserções e deleções maiores que 15bp, porém menores que um exon completo, pode ser reduzida. A análise de deleções/duplicações determina o número de cópias com alta confiabilidade (>95% dos exons direcionados). Esta metodologia pode não detectar mosaicismo de baixo nível. Este laudo reflete a análise de uma amostra de DNA genômico extraído. Em casos raros (neoplasia hematolinfóide circulante, transplante de medula óssea, transfusão de sangue recente) o DNAanalisado pode não representar o genoma constitucional do paciente.

TUMORES DO SISTEMA NERVOSO
TUMORES PEDIÁTRICOS CEREBRAIS

• ONCOLOGIA PEDIÁTRICA