Nesse teste são sequenciados todos os exons e splice sites do gene ATP7A1, que codifica uma ATPase e cuja alteração está associada a Doença de Menkes. Na doença de Menkes, o transporte de cobre das células intestinais é deficiente, resultando em baixo nível sérico. O transporte anormal de cobre em outras células leva a acumulo paradoxal de cobre em células duodenais, rins, pâncreas, musculo esquelético e placenta. As crianças com doença de Menkes clássica parecem saudáveis até a idade de dois a três meses, quando ocorrem a perda de marcos do desenvolvimento, hipotonia, ataques e falha em prosperar.

A metodologia usada no exame é Sequenciamento de Segunda Geração (NGS) por Captura.

O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após enriquecimento por um método de captura. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels) no Pipeline Haoma.

A cobertura média esperada é de acima de 99% das bases com profundidade acima de 10x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes até o momento do desenho do ensaio. Genes com cobertura inferior a 98% são devidamente informados na seção de genes analisados. A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37/hg19. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG). 

Este teste detecta >99% das variantes SNVs e de pequenas deleções e duplicações com até 20bp. Variantes maiores que 20bp e menores do que um éxon podem ser detectadas com sensibilidade reduzida. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições, regiões intrônicas profundas e áreas com pseudogenes.

• Gene ATP7A
• Síndrome de Menkes
• Tricopoliodistrofia