Neste teste é realizado o sequenciamento do gene CTNS, responsável pela cistinose nefropática, um distúrbio autossômico recessivo, de armazenamento lisossomal causado por um defeito no transporte do aminoácido cistina para fora dos lisossomos. Essa cistina armazenada é pouco solúvel e cristaliza nos lisossomos de vários tipos celulares, levando a dano tecidual.

Essa doença é caracterizada por crescimento insatisfatório, síndrome de Fanconi renal tubular, raquitismo hipofosfatêmico, disfunção glomerular e envolvimento de outros tecidos e órgãos. Em indivíduos não tratados, a falha no crescimento é geralmente notada entre seis e nove meses de idade. Sinais da síndrome de Fanconi renal tubular aparecem cedo, aos seis meses de idade, e incluem poliúria, polidipsia, desidratação e acidose. Cristais na córnea podem estar presentes antes de um ano de idade e estão sempre presentes após 16 meses de idade, pelo menos em indivíduos não tratados com cistinose nefropática. Em indivíduos não tratados, a função glomerular se deteriora gradualmente, resultando em insuficiência renal aproximadamente aos dez anos de idade.

A metodologia usada no exame é Sequenciamento de segunda geração com análise de número de cópias.

O DNA extraído é enriquecido para as regiões-alvo do teste utilizando um protocolo baseado em hibridização e sequenciado em plataforma Illumina. Para atingir  uma cobertura >99% em todas as regiões gênicas de interesse, o DNA pode ser sequenciado por duas ou mais técnicas complementares adicionais. O resultado final é uma cobertura de >99% das bases nas regiões exônicas, 10bp de região intrônica adjacente e outras regiões específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes no momento do desenho do ensaio. A chamada de variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37. As deleções e duplicações exônicas são chamadas usando um algoritmo "in-house" que determina o número de cópias em cada alvo. Todas as variantes clinicamente significantes são confirmadas por metodologias alternativas, exceto variantes validadas individualmente e variantes previamente confirmadas em um parente de primeiro grau. As metodologias de confirmação incluem qualquer uma das seguintes: sequenciamento Sanger, sequenciamento Pacific Biosciences SMRT, MLPA, MLPA-seq, Array CGH. Regiões promotoras, regiões não traduzidas e outras regiões não codificantes não são avaliadas, senão no contexto anteriomente citado.

• Mutações por expansão de repeats de trinucleotídeos não são detectáveis por sequenciamento.

• Mutações intrônicas profundas ou em regiões regulatórias, como promotores, não são detectáveis no presente teste.

• Alteração epigenéticas não são detectáveis por este teste.

• Anemia de Fanconi
• Cistinose Nefropática
• Gene CTNS