O sequenciamento completo do gene NOD2 detecta mutações que podem ser responsáveis pela doença de Crohn. A doença de Crohn é um processo inflamatório transmural do intestino, crônico e idiopático que leva a fibrose e sintomas obstrutivos, podendo afetar qualquer parte do trato gastrointestinal (desde a cavidade oral até o ânus). Em cerca de 30% dos casos o intestino delgado é afetado (principalmente o íleo terminal), em 30% casos o colon é acometido e, nos 40% restantes, há acometimento dos dois. A apresentação característica dessa doença é dor abdominal e diarréia, os quais podem complicar com fistulas intestinais, obstrução ou ambos. A recorrência dos sintomas é uma característica dessa doença de curso prolongado.

A causa exata da doença de Crohn ainda não foi esclarecida, sendo que fatores genéticos, microbianos, imunológicos, ambientais, nutricionais, vasculares e psicossociais (como tabagismo, contraceptivos orais e antiinflamtórios não esteroidais) parecem estar envolvidos. A interação entre fatores genéticos predisponentes, fatores ambientais, fatores do hospedeiro e eventos desencadeantes são necessários para o desenvolvimento da doença, o que evidencia a sua multicausalidade.

Varios genes parecem contribuir para o complexo fenótipo dessa patologia. Estudos indicam que mutações no gene NOD2 (tambem conhecido como CARD15), regulador da resposta imune intracelular a produtos bacterianos e localizado no cromossomo 16, conferem suscetibilidade a doença de Crohn. Outras três mutações principais (R 702W, G908 R e 1007 frameshift) foram descritas e ligadas ao fenótipo da doença.

A metodologia usada no exame é NGS- Sequenciamento de Segunda Geração por Multiplex.

O DNA é extraído de sangue periférico ou saliva de forma automatizada (QIASymphony). A técnica principal para o preparo da biblioteca de DNA é utilizando-se a tecnologia de PCR multiplexado com molecular barcode (QiaSeqDNA V3). Caso existam regiões não adequadamente cobertas na primeira técnica, é preparada por PCR convencional seguido de Nextera ou Sanger. O resultado final é uma cobertura de 100% das bases com profundidade acima de 50x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente. A chamada de variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37/hg19.

- Este teste detecta pequenas deleções e duplicações até 17 bp, mas grandes deleções e duplicações não são detectadas por esta metodologia. Outras alterações estruturais,como inversões e translocações também não são detectadas. Havendo suspeita de algumas destas alterações, pode-se usar metodologias como array CGH, MLPA, qPCR ou FISH. - Mutações por expansão de repeats de trinucleotídeos não são detectáveis por sequenciamento. - Mutações intrônicas profundas ou em regiões regulatórias, como promotores, não são detectáveis no presente teste. - Alteração epigenéticas não são detectáveis por este teste.

• Gene NOD2 e CARD15
• SÍNDROME DE CROHN