Lipofuscinose ceróide neuronal (LCN) constitui um grupo de doenças neurodegenerativas caracterizadas pelo depósito anormal de uma substância autofluorescente de lipopigmentos, que lembra ceróide e lipofuscina, dentro dos lisossomos dos neurônios e outros tipos de células.

Mutações no gene PPT1 causam a maioria dos casos de LCN infantil. Ele codifica a enzima proteina palmitoil tioesterase 1, a qual é ativa nos lisossomos, que digerem e reciclam diferentes tipos de moléculas. Essa enzima remove certas cadeias longas de ácidos graxos das proteinas, o que provavelmente ajuda a clivar as proteinas. Mutações no gene PPT1 levam a diminuição na produção da enzima proteina palmitoil tioesterase 1, o que a impede de remover as cadeias longas de acido graxo, levando ao acumulo dessas gorduras e proteinas em substâncias chamadas lipopigmentos, os quais levam ao dano das células do organismo, principalmente neurônios.

Neste teste é realizado o sequenciamento completo do gene PPT1.

A metodologia usada no exame é Sequenciamento de Segunda Geração (NGS) por Captura.

O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após enriquecimento por um método de captura. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels) no Pipeline Haoma.

A cobertura média esperada é de acima de 99% das bases com profundidade acima de 10x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes até o momento do desenho do ensaio. Genes com cobertura inferior a 98% são devidamente informados na seção de genes analisados. A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37/hg19. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG). 

Este teste detecta >99% das variantes SNVs e de pequenas deleções e duplicações com até 20bp. Variantes maiores que 20bp e menores do que um éxon podem ser detectadas com sensibilidade reduzida. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições, regiões intrônicas profundas e áreas com pseudogenes.

• Lipofuscinose ceróide neuronal (LCN)
• Síndrome de Batten Infantil