O gene de ativação de recombinação (RAGs) codificam enzimas que desempenham papel importante no rearranjo e recombinação dos genes das imunoglobulinas e do receptor de células T.

Mutações no gene RAG1 estão associadas a Linfopenia de linfócitos T alfa e beta, com expansão de linfócitos T gama/delta; Infecção severa por citomegalovírus; Autoimunidade e Imunodeficiência severa combinada (células B negativa).

Mutações no gene RAG2 foram associadas a Síndrome de Omenn e a Defeitos da imunidade humoral e celular com granulomas.

Neste teste é realizado o sequenciamento dos genes RAG1 e RAG2.

A metodologia usada no exame é Sequenciamento de Segunda Geração (NGS) por Captura.

O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após enriquecimento por um método de captura. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels) no Pipeline Haoma.

A cobertura média esperada é de acima de 99% das bases com profundidade acima de 10x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes até o momento do desenho do ensaio. Genes com cobertura inferior a 98% são devidamente informados na seção de genes analisados. A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37/hg19. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG). 

Este teste detecta >99% das variantes SNVs e de pequenas deleções e duplicações com até 20bp. Variantes maiores que 20bp e menores do que um éxon podem ser detectadas com sensibilidade reduzida. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições, regiões intrônicas profundas e áreas com pseudogenes.

• Gene RAG1 e RAG2
• Síndrome de Omenn